متقاضی ثبت موسسه باید تقاضانامه ها را از اداره ثبت شرکت ها گرفته و آن را تکمیل نموده و به امضاءکلیه شرکاء برساند، و موسسین موسسه باید صورت جلسه تنظیم و آن را به امضاء شرکاء برساند، و اساسنامه را تنظیم کنند و کلیه صفحات اساسنامه توسط شرکاء موسسه امضاء شود. موسسین جهت نامگذاری موسسه باید چند نام با شرایط ذیل : سابقه ثبت نداشته باشد نام خارجی نباشد، با فرهنگ انقلاب اسلامی مطابقت داشته باشد ، انتخاب و به مسئول تعیین نام اداره ثبت شرکتها تقدیم نمایند. مسئول مربوطه پس از بررسی، با انتخاب یکی از اسامی پیشنهادی اقدام به صدور گواهی لازم خواهد کرد.
متقاضی باید بعد از تعیین نام به قسمت ارجاع اداره ثبت شرکت ها مراجعه و ممیز مربوطه پس از بررسی اولیه با توجه به موضوع فعالیت موسسه چنانچه نیاز به اخذ مزبور معرفی می شود. پس از وصول و ارائه مجوز لازم، ممیز ثبت شرکتها نسبت به بررسی مدارک اقدام و چنانچه مدارک مزبور دارای نقص باشد، دستور رفع نقص و بعد از تکمیل ، متقاضی را جهت پرداخت حق الثبت به حسابداری راهنمایی خواهد کرد.
مسئول حسابداری با توجه به سرمایه موسسه مبلغ حق الثبت را تعیین و متقاضی را جهت پرداخت حق الثبت به بانک مربوطه هدایت که وی بعد از واریز مبلغ مزبور، فیش پرداختی را به حسابداری ارائه و حسابداری نسبت به مهر نمودن تقاضانامه متقاضی اقدام می نماید و بعد از ممهور شدن تقاضانامه آن را باید به نزد ممیز مربوطه برده ،و ممیز مربوطه دستور ثبت شرکتها مراجعه، در قسمت ثبت پیش نویس آگهی تاسیس باید به قسمت ثبت شرکتها مراجعه ، در قسمت ثبت پیش نویس آگهی تاسیس را تهیه نموده و پس از امضاء رئیس ادراه ثبت شرکتها و تایپ آگهی مربوطه رسانده، متقاضی یک نسخه از مدارک اعم از اساسنامه ، صورت جلسه و تقاضانامه که اراره ثبت شرکتها آنها را مهر نموده ، از مسئول قسمت می گیرد ، و آن را به دبیر خانه اداره تحویل می دهد، متقاضی یک برگ آگهی تایپ شده رابه اداره کل دفتر روابط عمومی و اموربین الملل ( قسمت دایره آگهی) تقدیم و پس از تعیین مبلغ آکهی در روزنامه به بانک مربوطه مراجعه و مبلغ مزبور را پرداخت نموده و به دبیرخانه مراجعه خواهد کرد، پس از امضاء نسخ تایپ شده توسط رئیس اداره ثبت شرکت ها در این مرحله آگهی صادره را در دو نسخه تایپی به متقاضی تحویل می دهد. که متقاضی یک نسخه از آگهی را جهت درج در روزنامه رسمی جمهوری اسلامی ایران واقع در تهران، ضلع جنوبی پارک شهر ، خیابان بهشت ساختمان روزنامه رسمی تحویل و نسخه دیگر همراه با فیش پرداختی به قسمت دایره آگهی ها جهت درج در روزنامه کثیر الانتشار داده می شود. بعد از طی این مراحل کار ثبت موسسه غیر تجاری به پایان می رسد.و اداره ثبت شرکتها گواهی ثبت موسسه را به موسسین تقدیم خواهد نمود. شایان ذکر است مراحل ثبت کلیه شرکتها به یک صورت می باشد ، و آنچه که تفاوت دارد ، مدارک قابل ارائه ، اساسنامه ها و نحوه پر کردن تقاضانامه ها و شرکت نامه ها... می باشد.