استفاده از سفیدکننده کلری به عنوان ماده شیمیایی ضدعفونی کننده اولین بار در اتریش در سال ۱۸۴۷ ثبت شده است. کارکنان بیمارستان عمومی وینا شروع به استفاده از آن در مقابل تب زایمان کردند بیماری عفونی که بسیاری از زنان را در هنگام تولد کودک خود می کشت و در سرتاسر بخش زنان و زایمان شیوع پیدا کرده بود. هم اکنون برای ضدعفونی تجهیزات دیالیز، بخشی از تجهیزات جراحی، سطوح کار در بیمارستان و آزمایشگاه و حتی بعضی از زباله های بیمارستانی به کار می روند.
صنعت فرآوری غذا از سفیدکننده کلری برای کشتن باکتری های مضر مانند لیستریا (Listeria) ، سالمونلا (Salmonella) و اشرشیا کلی (E. coli) بر روی تجهیزات به کار بردند. هیپوکلریت سدیم همچنین به آب قابل نوشیدن برای کشتن موجودات زنده آب زاد مانند باکتریوم سالمونلا تیفی کاربرد دارد باکتری که باعث تب حصبه می شود و بسیاری از افراد را پیش از ضدعفونی آب و متداول شدن درمان آنتی بیوتیکی به دام مرگ کشاند.
سفیدکننده کلری Vibro cholera را از بین می برد باکتری که باعث وبا می شود بیماری که به نسبت قبل از تیمار آب همه گیر بود و هنوز می تواند باعث مرگ و میر در مناطق شوند که دسترسی به آب آشامیدنی پاک ندارند. سفیدکننده کلری می تواند همچنین باکتری ها و ویروس های خطرناک روی سطوح را بکشند مانند استافیلوکوکوس آئروس (MRSA)، آنفلوآنزا و HIV. سفیدکننده کلری به طور ویژه ماده ضدعفونی کننده ارزشمندی است چون باعث از بین رفتن میکروب هایی می شوند که سیستم ایمنی بدن قادر نیست در مقابل آنها مقاومت کنند یا کشتن میکروب هایی که در مقابل داروهای معینی مقاوم شده اند.
برای کشتن میکروب ها، هیپوکلریت سدیم با کیفیت مشابهی کاربرد دارد که همچون لکه بر قوی، این کار خود را نیز انجام می دهد. قدرت آن به خاطر ویژگی اکسیدکنندگی است که دارد.
هنگامی که هیپوکلریت سدیم در تماس با ویروس ها، باکتری ها، قارچ ها قرار گیرند آن مولکول های موجود در سلول های میکروب ها را اکسید می کنند و آنها را می کشند. دانشمندان همچنین باور دارند که اسید هیپوکلریت که هیپوکلریت سدیم را ایجاد کرده است به آب که اضافه می شود می تواند دیواره های سلولی بعضی از میکروب ها را تجزیه کند.
اسید هیپوکلریت همچنین به نظر می رسد می تواند باعث شود پروتیین های معینی در باکتری ساخته شوند و جلوی با ناتوان کردن آنها جلوی عملکرد آنها را بگیرند. سفیدکننده های غیرکلری که مواد اکسیدکننده ای هستند می توانند همچنین به عنوان ماده ضدعفونی کننده در بعضی سطوح استفاده شوند اما آنها توان کمتری نسبت به سفیدکننده کلری دارند. سفیدکننده کلری هنگامی که به طور مناسبی استفاده می شوند ماده ضدعفونی کننده کارآ و عملی است.